Как только игроки настроили графику и начали погружаться в сюжет, они обнаружили, что игра страдает от плохой связанности геймплейных механик. "Калисто Протокол" значительно уступает "Dead Space".

Главный минус — боевая система. Основное оружие игрока — электродубинка, и большинство боёв происходит в ближнем контакте. Система требует жать кнопку удара и уклоняться влево или вправо. Это ещё приемлемо один на один, но при атаке нескольких врагов система разваливается: камера мечется, анимации медленные, и уклоняться от атак становится невозможно. Это вызывает раздражение, а не удовольствие.

У главного героя есть перчатка для метания врагов, но её энергия быстро заканчивается. Огнестрельное оружие тоже не спасает ситуацию — оно служит лишь для контрольных выстрелов после ударов дубинкой.

Боевая система остаётся неизменной на протяжении всей игры и несбалансированной. Пример: двухголовый мини-босс требует патронов, которых часто не хватает, что делает бой практически невозможным.

Многие игроки столкнулись с этими проблемами, обсуждая их на форумах.