Juntando elementos do original com adições da segunda edição, a 3ª iteração da série focada no irmão mais alto e mais medroso de Mario traz níveis diferenciados que funcionam de forma similar ao segundo jogo, mas sem as limitações espaciais, permitindo uma exploração mais livre de cada fase/andar, com livre movimentação através do elevador para fases níveis anteriores.

Um meio termo entre o prédio único do original com as múltiplas mansões do segundo jogo. Novidades também nas habilidades e interações com o cenário, estreando o tiro de desentupidor e o clone viscoso apelidado de Gooigi.